caffe为什么使用LMDB和levelDB，而不是直接使用原始数据
第一，原始数据的类型，种类很多，如二进制文件，.npy文件，多种图像可是文件等等，不可能使用统一的代码来读取，所以转换成统一的格式可以简化数据读取层的实现。具体说是将不同类型的数据存储为key-value的对应关系。便于caffe DataLayer获取这些数据。
第二，使用LMDB和LEVELDB可以提高磁盘的IO利用率。
较新的caffe，都使用LMDB，LEVELDB是caffe早起使用的。
什么是protobuff
ProtoBuff是一种实现内存和其他存储介质数据交换（从磁盘读取数据到内存，从内存保存数据到磁盘）的协议。在caffe中protobuff用于解析.prototxt文件，包括超参数设置，和模型结构的定义。protobuff将.prototxt文件中的配置参数按照caffe.proto的协议解析并加载到内存变量Caffe::SolverParameter对象中。自己可以尝试对一个solver.prototxt文件按照caffe.proto解析出参数.
在caffe中使用一个ProtoBuffer工具完成数据在存储介质间的数据交换。
什么是HDF5
HDF5是一种数据格式，同时还有处理这种数据格式的统一函数库。
HDF5, LMDB, ProtoBuff分别在什么时候使用
caffe 模型结构超参数的定义和训练超参数的定义，使用ProtoBuff（默认），可以看到相应的文件都是以.prototxt为后缀，也可以使用HDF5。而caffe所处理的数据，要转换成LMDB。
在caffe官方文档中，由关于data layer的描述：数据可以是来自高效的LMDB，levelDB数据库，可以使来自内存，或者来自HDF5或通用的图像格式的数据（当效率不是很重要时）。